El ATMEGA como todos los procesadores requiere su frecuencia de reloj para que ejecute las instrucciones, el usado comúnmente para las tarjetas Arduino es un cristal u oscilador con frecuencia de 16MHz, también para nuestro ejemplo usaremos esta frecuencia, pues el bootloader de la plataforma Arduino viene para usarse con este tipo de cristal.
La imagen siguiente muestra el diagrama esquemático de esta parte y la conexión a las terminales del Atmega2560, a un lado se muestran foto del cristal de cuarzo, el usado por nosotros es un cristal SMD 3025, pues ocupa menos espacio que el cristal through hole, pero bueno esto lo puedes cambiar a tu gusto.
Los capacitores para el cristal también son SMD, del tamaño 0805.